In den Forschungsschwerpunkten unserer Projektgruppe (u.a. Schmerz, Multiple Sklerose, Entzündungserkrankungen) haben neben der genetischen Veranlagung auch Umweltfaktoren und die Lebensweise einen Einfluss auf die Krankheitsentstehung, den Verlauf sowie die Therapiemöglichkeiten und den Therapieerfolg. Wir entwickeln und wenden Methoden an, um die genetischen als auch epigenetischen Faktoren zu bestimmen und zu untersuchen und für die Entwicklung diagnostischer Marker als auch neuer therapeutischer Ansätze einzusetzen.
Next Generation-Sequenzierung
- Genvariant-Analysen (SNPs/INDELs)
- Phage-Display-Sequenzierung
Global DNA-Methylierungsanalysen
- TAMRA-Cytidin-Inkorporationsassay
- LINE-1-CpG-Analyse
Spezifische DNA-Methylierungsanalysen
- Methylierungssensitive Schmelzkurvenanalyse (MS-HRM)
- Bisulfit-Pyrosequenzierung
- Epigenetic Aging
Genom-weite DNA-Methylierungsanalysen (in Zusammenarbeit mit dem Fraunhofer IGB)
- Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Histon-Modifikationen
- Multiplex-ELISA (Luminex-System)
Ausgewählte Projekte:
- Entwicklung epigenetischer Biomarkers
- SNP/INDEL-Untersuchung in Schmerz-relevanten Genen
Ausgewählte Publikationen:
King-Himmelreich, Tanya S., Stefanie Schramm, Miriam C. Wolters, Julia Schmetzer, Christine V. Möser, Claudia Knothe, Eduard Resch, Johannes Peil, Gerd Geisslinger, and Ellen Niederberger. 2016. ‘The Impact of Endurance Exercise on Global and AMPK Gene-Specific DNA Methylation’. Biochemical and Biophysical Research Communications 474 (2): 284–90. doi:10.1016/j.bbrc.2016.04.078.
Knothe, Claudia, Hiromi Shiratori, Eduard Resch, Alfred Ultsch, Gerd Geisslinger, Alexandra Doehring, and Jörn Lötsch. 2016. ‘Disagreement between Two Common Biomarkers of Global DNA Methylation’. Clinical Epigenetics 8 (1). Clinical Epigenetics: 60. doi:10.1186/s13148-016-0227-0.
Kringel, D, A Ultsch, M Zimmermann, J P Jansen, W Ilias, R Freynhagen, N Griessinger, et al. 2016. ‘Emergent Biomarker Derived from next-Generation Sequencing to Identify Pain Patients Requiring Uncommonly High Opioid Doses’. Pharmacogenomics J, no. November 2015: 1–8. doi:10.1038/tpj.2016.28.
Shiratori, Hiromi, Carmen Feinweber, Claudia Knothe, Jörn Lötsch, Dominique Thomas, Gerd Geisslinger, Michael J. Parnham, and Eduard Resch. 2016. ‘High-Throughput Analysis of Global DNA Methylation Using Methyl-Sensitive Digestion’. PLoS ONE 11 (10): 1–16. doi:10.1371/journal.pone.0163184.
